Aus ökologischen Gründen kommt dem Zwischenfruchtanbau ein sehr hoher Stellenwert zu. So können durch Zwischenfrüchte lange Brachezeiten zwischen Winter- und Sommerfrüchten überbrückt werden. Dies schützt den Boden vor Wind- und Wassererosion und sorgt für eine Strukturverbesserung. Dies gilt für die Zwischenfrüchte selbst bzw. die als Mulch verbleibenden Zwischenfruchtreste. Gleichzeitig reduziert eine aufwachsende Zwischenfrucht durch ihre Nährstoffaufnahme und -bindung den Austrag von z. B. Nitrat-Stickstoff in größere Bodentiefen. Damit stehen heute beim Zwischenfruchtanbau die erhöhte biologische Aktivität, die Strukturverbesserung, die Minimierung der Nährstoffverluste (Nitratauswaschung) und der Erosionsschutz im Vordergrund.