Viele Moos- und Flechtenarten sind sensible Umweltindikatoren, sodass aus dem Vorkommen bestimmter Moos- und Flechtengesellschaften Aussagen zur Qualität der Lebensräume möglich sind. Deshalb spielen Moos- und Flechtenarten und die von ihnen aufgebauten Gesellschaften auch eine wichtige Rolle bei der Bewertung einiger Lebensraumtypen nach Anhang I der FFH-Richtlinie, z. B. der verschiedenen Lebensraumtypen der Felsbereiche, Fließgewässer und Schwermetallrasen.